最强的思考型机器人、非正规机器人猎人第十七队之精锐部队的队长──释玛,突然向世界宣战叛乱。两位新的猎人成员: X 与阿零,一同将释玛消灭人类、建立只有思考型机器人国度的计划破坏,世界亦回复和平,但,零也牺牲了自己的性命…… 第一次思考型机器人大战后六个月──非正规机械发生暴乱的事件不降反升,经猎人总部调查后,证实在某一处荒漠中有一座废弃工厂被重修并制造充满恶意的机械,而生产出来的制成品中,皆装有刻上释玛标志的芯片。刚刚上任猎人第十七精锐部队的 X 带队调查,成功破坏该工场。 不久,一个自称反击猎人的组织向 X 宣称拥有零的身体部件,并向 X 作出挑战:打败八位反乱的思考型机器人。的确,凯恩博士正拥有着零的芯片,是在上一次大战中奇迹无损的。同时,这也意味着,谁能击倒对方,就能够夺取零的部件并将其复活。 一方为了朋友,一方为了野心,一场新的战斗,一切即将爆发……